Tofiq Teyyub oğlu Mustafazadə 1949-cu il iyunun 1-də Dəvəçi (indiki Şabran) rayonunun Zeyvə kəndində anadan olub.1966-cı ildə Azərbaycan Dövlət Universitetinin (indiki BDU) tarix fakültəsinə daxil olub,1971-ci ildə oranı fərqlənmə diplomu ilə bitirib.Tofiq Mustafazadə 1971-1974-cü illərdə Azərbaycan Elmlər Akademiyası (AMEA) Yaxın və Orta Şərq Xalqları İnstitutunda laborant, ADU-nun ümumi tarix kafedrasında baş laborant, Sumqayıt şəhərinin və Dəvəçi rayonunun orta məktəblərində tarix müəllimi vəzifələrində çalışıb.

1974-1977-ci illərdə Azərbaycan Elmlər Akademiyasının Tarix İnstitutunun aspiranturasında təhsil alıb.1977-ci ilin dekabrından “Azərbaycanın Rusiya və Qafqaz xalqları ilə əlaqələri tarixi” (1991-ci ildən bu şöbə “Azərbaycanın qonşu xalqlarla əlaqələri və xanlıqlar dövrü” şöbəsi adlandırılıb) şöbəsində çalışıb və 1996-cı ilin noyabr ayından 2011-ci il yanvarın sonunadək bu şöbəyə rəhbərlik edib.

Tofiq Mustafazadə 130-a qədər elmi əsərin, o cümlədən 6 monoqrafiyanın müəllifidir. 1980-ci ildə namizədlik, 1992-ci ildə isə doktorluq dissertasiyalarını müdafiə edib,1999-cu ildə professor elmi adını alıb. Tofiq Mustafazadə uzun illər Bakı, Moskva, Sankt-Peterburq, Həştərxan, İstanbul arxivlərində və kitabxanalarında elmi axtarışlar aparıb.

“XVIII-XIX yüzilliklərin əvvəllərində Osmanlı-Azərbaycan münasibətləri”, “XVIII əsrin birinci yarısında Azərbaycanda Rusiyaya meylin güclənməsi”, “Qarabağ xanlığı”, “Азербайджан и русскотурецкие отношения в первой трети XVIII века” və s. sanballı elmi əsərlərin müəllifidir.

Tofiq Mustafazadə öz elmi məktəbini yaradıb.Tarixçi alim, professor Tofiq Mustafazadə pedaqoji fəaliyyətlə də məşğul olub, Bakı Dövlət Universiteti və Lənkəran Dövlət Universitetində əvəzçiliklə professor vəzifəsində çalışıb.

Ölkədə ilk dəfə olaraq dörd cilddən ibarət “Ümumi tarix” kitabını yazıb. 2009-2011-ci illərdə həmin kitabı genişləndirib, iki kitab şəklində yenidən nəşr etdirib. 1993-cü ildən Azərbaycan Tarix Qurumu ictimai birliyinin sədridir, 2007-ci ildən “Tarix və Gerçəklik” jurnalının baş redaktorudur. Tofiq Mustafazadə 2012-ci il mayın 25-də Azərbaycan Respublikasının Dövlət mükafatına, 2016-cı ildə “Əməkdar elm xadimi” fəxri adına layiq görülüb.