Zərnigar Fəti qızı Ağakişiyeva 1945-ci ildə Quba rayonunun Rustov kəndində doğulub. O, 1972-ci ildə M.A.Əliyev adına Azərbaycan Dövlət İncəsənət İnstitutunun “Dram və kino aktyorluğu” fakültəsini bitirib. Təhsilini tamamlayandan sonra, bir müddət Tədris Teatrında aktrisa kimi çalışan Z.Ağakişiyeva, rejissor Əşrəf Quliyevin dəvəti ilə Azərbaycan Dövlət Akademik Milli Dram Teatrında ilk tamaşası 19 may 1973-cü ildə göstərilən A.Ostrovskinin “Müdriklər” dramında Mamayeva rolunu oynayıb. 1974-cü ildən isə Akademik Milli Dram Teatrının aktyor heyətinə aktrisa kimi qəbul olunub.

Zərnigar Ağakişiyevanın yaratdığı obrazlar tamaşaçılar tərəfindən həmişə maraqla qarşılanıb. O,  Tatyana (M.Qorki “Meşşanlar”), Xuraman (S.Vurğun “Vaqif”), Şəfəq (S.Dağlı “Kölgələr pıçıldaşır”), Zeynəb (B.Vahabzadə “Kimdir haqlı?”), Zivər (Anar “Təhminə və Zaur”), Kəmalə (İ.Əfəndiyev “Qəribə oğlan”), Fəxrəndə xanım (İ.Əfəndiyev “Mahnı dağlarda qaldı”), Bernardo (Federiko Qarsia Lorka “Dişi canavar”), Pəri xanım (M.F.Axundov “Lənkəran xanının vəziri”), Qadın ( Elçin “Poçt şöbəsində xəyal”), Yasəmən (S.S.Axundov “Eşq və intiqam”), Ana (B.Vahabzadə “Dar ağacı”), Qadın (N.Hikmət “Kəllə”), Kərbəlayi Fatma (C.Məmmədquluzadə “Ölülər”) və s. kimi obrazlar yaradıb.

Aktrisaya 1989-1992-ci illərdə səhnədə cəmi 2 rol verilməsi onun teatrdan uzaqlaşmasına səbəb olub. 7 ildən sonra Ədalət Vəliyevin dəvətilə yenidən teatra qayıdıb.

Zərnigar Ağakişiyeva Azərbaycan Dövlət Televiziyasında hazırlanan teletamaşalarda və “Azərbaycanfilm”in istehsal etdiyi bir çox filmlərdə çəkilib: “De ki, məni sevirsən”, “Ötən ilin son gecəsi”, “Dantenin yubileyi”, “Atayevlər ailəsi”, “Bağ mövsümü”, “Qəm pəncərəsi”, “Ölsəm... bağışla”, “Balaca çoban”, “Zirzəmi”, “Fədailər”, “Divar”, “Təhminə”, “Fransız”, “Ağ atlı oğlan”, “Sarı gəlin”, “Hər şey yaxşılığa doğru”, “Qara "Volqa”, “Güllələnmə təxirə salınır!..”, “Yuxu”, “Bəyaz həyat” və s.

Zərnigar Fəti qızı Ağakişiyeva 1982-ci ildə “Əməkdar artist”, 2000-ci ildə isə “Xalq artisti” fəxri adlarına layiq görülüb. 2014-cü ildə “Şöhrət” ordeni ilə təltif edilib. Prezident təqaüdçüsü idi. 2015-ci ildə Cəfər Cabbarlı mükafatına layiq görülüb.

Xalq artisti Zərnigar Ağakişiyeva 8 fevral 2018-ci ildə Bakıda vəfat edib.