Aygün Səmədzadə yanvar ayının 11-də Bakıda ziyalı ailəsində dünyaya gəlib. Əməkdar incəsənət xadimi ilk təhsilini Bülbül adına orta ixtisas musiqi məktəbində alıb. Oranı qızıl medalla bitirən Aygün Səmədzadə daha sonra Azərbaycan Dövlət Konservatoriyasına daxil olub. Üzeyir Hacıbəylinin anadan olmasının 100 illiyi ilə bağlı keçirilən müsabiqədə diplom, III Respublika konfransında ən yaxşı tələbə elmi-işinə görə "Qızıl medal", Zaqafqaziya ölkələri arasında keçirilən müsabiqədə I dərəcəli diploma layiq görülüb. Konservatoriyanı fərqlənmə diplomu və Üzeyir Hacıbəyli adına fəxri təqaüdlə bitirdikdən sonra elə həmin ildən "Musiqi tarixi" kafedrasına müəllim kimi dəvət olunub. Hazırda “Avropa ölkələrinin musiqi tarixi”, “Türkdilli xalqların musiqi mədəniyyəti”, “Musiqi tənqidi” kimi fənlərdən dərs deyir və həmin kafedranın dosentidir.

2000-ci il "Best of Best" müsabiqəsində Aygün Səmədzadənin  "Məktəb illəri", 2002-ci ildə keçirilən "Nəğmələrin nəğməsi" müsabiqə-festivalda "Bu dünyanı nağıl bilək", "Yağış" mahnıları birinci yerlə mükafatlandırılıb. "Tut ağacım" isə  “Qran-pri” və “Tamaşaçı rəğbəti” mükafatlarına layiq görülüb. Aygün Səmədzadə bir çox tanınan müğənnilərin repertuarında xüsusi yer tutan 100-dən artıq mahnı və rəqsin müəllifidir. “Elegiya”, “Sən bizimləsən” mahnıları ümummilli lider Heydər Əliyevə  həsr olunub. Bəstəkarın 2005, 2009, 2015-ci illərdə Heydər Əliyev Sarayında, 2015-ci ildə Beynəlxalq Muğam Mərkəzində, 2017-ci ildə Şəkidə keçirilən "İpək yolu" Beynəlxalq Musiqi festivalında, 2018-ci ilin iyunun 9-da Cümhuriyyətin 100 illiyi münasibətilə Yaşıl teatrda müəllif konsertləri olub.

Aygün Səmədzadə “Türküstan”, “Həsrət”, “Qumsal”, “Eşq” simfonik lövhələrinin, “Həzrət-i Fatimə” adlı vokal-xoreoqrafik kompozisiyasının, Cümhuriyyətin 100 illiyinə həsr olunan “İstiqlal” marşının müəllifidir.

Aygün Səmədzadə Əhməd Cavadın sözlərinə silsilə əsərlər yaradıb. Bunların sırasına “Ey Türk” kantatası (“Ey Türk”, “Bismillah”, “Türk Ordusuna”, “Elin bayrağı”, “Mən bulmuşam”, “Susmaram”, “Şəhidlərə” kimi müstəqil nömrələrdən ibarət), “Sən ağlama” vokal-instrumental kompozisiyası, “Niyə gəlmədin?”, “Qurban olduğum” romansları və başqa əsərləri daxildir. Bu əsərlərin premyeraları 2018-ci ilin 15 sentyabrında Ankarada, 2018-ci ilin 10 noyabrında Bakıda, 2019-cu ilin 20 martında Eskişehirdə baş tutub. Əsərlər TRT xoru, Azərbaycan Dövlət Simfonik Orkestri tərəfindən ifa edilib.

Aygün Səmədzadə Azərbaycan mədəniyyətinin təbliği ilə bağlı bir sıra televiziya layihələrinin, o cümlədən "Əslində Mən", "Bir mahnının tarixçəsi", "İntrada", "Ekspromt" verilişlərinin ideya müəllifi və rəhbəri olub.

Bəstəkar, musiqişünas Aygün Səmədzadə Azərbaycan Bəstəkarlar İttifaqının üzvü, “Nəfəs” Sənət Mərkəzinin rəhbəridir. 2019-cu ildə Azərbaycan bəstəkarlarının Vətən haqqında mahnılarından ibarət "Azərbaycan 100 mahnıda” klavirinin ideya müəllifi və layihə rəhbəri olub.

Aygün Səmədzadə 2011-ci il sentyabr ayının 15-də “Azərbaycan Respublikasının Əməkdar incəsənət xadimi”, 2018-ci ilin 27 may tarixində isə “Azərbaycanın Xalq artisti” fəxri adlarına layiq görülüb.