Şahin Zəkizadə 5 mart 1978-ci ildə Bakı şəhərində ziyalı ailəsində dünyaya gəlib. Atası Həsən Zəkizadə görkəmli aktyor və rejissor Əlisəttar Məlikovun nəvəsi idi. Həsən Zəkizadə uzun müddət müəllim və məktəb direktoru kimi çalışıb. Şahin məktəbi bitirəndən sonra Mədəniyyət və İncəsənət Universitetində təhsil alıb. Müəllimi Tariyel Vəliyev olub.

Daha sonra təhsilini Moskvada kino üzrə davam etdirib. Rejissor fəaliyyətinə reklam və klip sahəsində başlayıb. Azərbaycanın ən məşhur ifaçıları üçün kliplər çəkib. Ən məşhurları Röya və Samir Cavadzadənin "Deyin ona", Elariz Məmmədoğlunun "Doroqa", Faiq Ağayevin "Sən elə bilirdin", tamamilə animasiyadan ibarət "Biləydin kaş", Tünzalə Ağayevanın "Gülbahar" mahnısı, Sevda Ələkbərzadənin "Salam Allahım" klipləri idi. Bundan başqa, rejissor Lider TV və Yurd TV televiziyalarında çalışıb. Həyatı boyu sosial reklam, siyasi çarx, həmçinin sənədli filmlər çəkən Şahin 2003-cü ildə "Dünənə ehtiramla, sabaha ümidlə" və Əminə Dilbazidən bəhs edən "Tənha bülbülün rəqsi" sənədli filmləri ilə film sektoruna girib. 2015-ci ildə rejissoru və ssenari müəllifi olduğu "100 Kağız" filmi ekranlara çıxıb.

Şahin Zəkizadə iki dəfə ailə həyatı qurub. İlk evliliyindən 2009-cu il təvəllüdlü Fatimə adlı qızı var. İkinci dəfə 2014-cü ildə Səbinə Allahverdiyeva ilə evlənən Şahinin 2015-ci il Seyyid Əli adında oğlu anadan olub.

Şahin Zəkizadədə 2016-cı il sentyabr ayında ağır xəstəlik - qan xərçəngi xəstəliyi aşkarlanıb. O zamandan rejissor Azərbaycan Tibb Universitetinin Tədris Terapevtik Klinikasında intensiv müalicə alıb. Amma bir neçə aylıq müalicəyə baxmayaraq, xəstəlik şiddətlənmişdi. İstedadlı rejissor 12 fevral 2017-ci ildə komaya düşüb, 16 fevralda dünyasını dəyişib. Rejissor Maştağada yerləşən "Seyidlər" qəbiristanlığında dəfn olunub.