Kərəm Mustafayev 1962-ci il 1 iyul tarixində Naxçıvan Muxtar Respublikasının Şərur rayonunda anadan olub.

1983-cü ildə Bakı Ali Ümumqoşun Komandirləri Məktəbini, 2002-ci ildə Naxçıvan Dövlət Universitetini, 2006-cı ildə isə Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin Hərbi Akademiyasını bitirib.

1983-1992-ci illərdə SSRİ Silahlı Qüvvələri tərkibində taqım komandiri, bölük komandiri və tabor komandiri vəzifələrində xidmət edib.

1992-ci ildən Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrində tabor komandiri, Əlahiddə Gücləndirilmiş Motoatıcı briqadanın qərargah rəisi-briqada komandirinin müavini, Əlahiddə Gücləndirilmiş Motoatıcı briqadanın komandiri, Motoatıcı diviziya komandiri, Ordu korpusunun komandiri vəzifələrində xidmət edib.

Azərbaycan Respublikasının suverenliyi və ərazi bütövlüyü uğrunda gedən döyüş əməliyyatlarında iştirak edib.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Sərəncamı ilə 14 may 2014-cü il tarixindən Müdafiə nazirinin müavini-Əlahiddə Ümumqoşun Ordu Komandanı vəzifəsinə təyin olunub.

Xidməti vəzifələrini layiqincə yerinə yetirdiyinə görə dəfələrlə müxtəlif mükafatlara, orden və medallara layiq görülüb. Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2003-cü il 24 iyun tarixli Fərmanı ilə "Azərbaycan Bayrağı" ordeni, 2006-cı il 22 iyun tarixli Sərəncamı ilə "Hərbi xidmətlərə görə" medalı, 2009-cu il 25 iyun tarixli Sərəncamı ilə "Vətən uğrunda" medalı, 2011-ci il 25 iyun tarixli Sərəncamı ilə 3-cü dərəcəli "Vətənə xidmətə görə" ordeni, 2014-cü il 24 iyun tarixli Sərəncamı ilə 2-ci dərəcəli "Vətənə xidmətə görə" ordeni, 2018-cü il 25 iyun tarixli Sərəncamı ilə 1-ci dərəcəli "Rəşadət" ordeni ilə təltif olunub.